nuja, mit FTP hochgeladen bedeutet dann auch mit FTP löschen.
Das man mittlerweile problemlos Bilder die mit FTP hochgeladen werden aus dem Adminbereich löschen kann war ja ein willkommener Fortschritt, aber bei Verzeichnissen könnte es zu schnell passieren, dass jemand mal ausversehens eines löscht und im Gegensatz zu den virtuellen Alben sind dann alle Bilder darin tatsächlich WEG. Das Löschen per FTP ist dabei mehr Aufwand, muss gezielt gemacht werden und das Risiko das ein Benutzer ausversehens ein Verzeichniss löscht ist zwar nicht auszuschliessen (wie du schonmal erlebt hast) aber deutlich geringer als im Adminmenü mal aufs rote Knöpchen zu drücken.
Da die FTP Operationen ja nicht von PIWIGO gemacht werden, weiss es gar nicht was du eigentlich gemacht hast und muss von dir dazu angestossen werden (die Synchronisation eben) die physikalischen Verzeichnisse/Bilder neu zu scannen und die Ändeungen in die Datenbank einzutragen.