Für mysql gibt es den Dumper : http://www.mysqldumper.de/.  Ist wirklich angenmehm in der Handhabung, nutzt nur wenig, wenn man auf einer Domain mehrere mysqldatenbanken hat (aus übersichtsgründen halte ich wordpress und piwigo in unterschiedlichen datenbanken) .  Ich benutze also tatsächlich die exportfunktion des adminer (http://www.adminer.org/de/), also eines Tools wie dem mysqladmin

Inkrementelle Backups für die Website? Warum so kompliziert? Meine Galeriewebsite ist z.b. ca 1,5 GB groß, die kopiere ich schlicht, einfach und simpel, einmal im Quartal per ftp auf meine Festplatte.  Wenn ich mehr rumschraube, dann mach ich das vielleicht monatlich.
Da ich nicht spiele, keine Filme sammle, Musik auf CD´s habe, wären selbst ein paar dutzend total Backups vom Plattenplatz her absolut unauffällig.
Inkrementelle Backups machte ich nur zu Zeiten, als der zu sichernde Bereich in Relation zum vorhandenen Speicherplatz für Backups relativ klein und teuer war.
Aber heutzutage bekomme ich ja ein komplettes win 7 System (inkl. installierter Programme), bei entsprechender Partitionierung, als komprimiertes Image ca 15-20 Mal auf eine 1Terrabyte Platte für ca 50€, Systemabsicherung für unter 5€?, da mach ich mir keine Gedanken mehr über inkrementelle Backups!
Da ich meine Bilder eh auf mehreren externen Festplatten sichere, um da die Risiiken eines Totalverlustes zu minimieren, liegen die RAWs zusätzlich mindestens auf 3 getrennten Medien, und die Preise deutlich schneller fallen als ich die Platten voll bekomme, ist für mich der Backup Klassiker das schlichte XCOPY bzw. die entsprechende Kopierfunktion des bevorzugten Dateibrowsers.

KISS= Keep it simple and stupid